O objetivo da Bujinkan é promover e transmitir a arte ninja e nove escolas de artes marciais tradicionais da cultura japonesa.
As nove escolas são:
Foi fundada em meados do século XV por Sasaki Orouemon Akiyari tem como especialidade o Koppōjutsu e utiliza também técnicas de Koshijutsu.
Esta escola foi fundada em meados do século XII por Tozawa Hakunnsai.
A especialidade desta escola é o Koshijutsu que utiliza técnicas de ataque aos pontos vitais e órgãos. Possui forte ligação com o Kenpō Chinês e é a mais antiga do sistema da Bujinkan servindo de base de muitas artes marciais de Bujutsu e Ninjutsu da região de Iga.
Esta escola foi fundada no século XV por Sasaki Orouemon Akiyari. Gyokushin-ryū é conhecida pelo uso de Nagenawa (laço).
Fundada por meados do século XIII por Izumo Kanja é uma escola basicamente de guerra e utiliza diversas armas, é famosa pelo uso de Naginata (alabarda), Yiari (lança), Bo (bastão), Shuriken (lâminas de arremesso), mas a sua especialidade era mesmo no uso da espada.
Foi fundada no século XVI por Toda Sakyo. As especialidades desta escola são o Koppōjutsu (técnicas para partir ossos) e Kyusho (pontos de pressão).
Esta escola foi fundada em meados do século XV por Iga Heinaizaemon é famosa pelo uso de máscaras demoníacas para assustar o inimigo e também pelo uso de Kamayari (corrente e foice). É especialista em técnicas de salto e em técnicas de sobrevivência.
Esta escola foi fundada no principio do século XII por Izumo Kanja. A especialidade desta escola é o Dakentaijutsu. Nesta escola utiliza-se somente os princípios da natureza, como tal não existe posições.
Foi fundada no século XVI por Takagi Oriemon Shigenobu e a especialidade desta escola é o Jūtaijutsu, técnicas eficazes e rápidas de projeções, imobilizações, chaves, estrangulamento e técnicas de fuga.
Esta é talvez a mais famosa escola de Ninjutsu praticada na atualidade. Foi fundada no princípio do século XII por Daisuke Togakure e é famosa pelo uso de armas como o Shuriken (lâminas de arremesso) e os Shukos (garras de mão). Togakure-ryū utiliza técnicas de manipulação e intimidação mental. Esta escola é especialista também em Koshijutsu e Dakentaijutsu.
Cada uma dessas escolas possui características distintas e são praticadas dentro da Bujinkan de forma harmoniosa, seguindo por um mesmo caminho que é o Budo Taijutsu.